目前，黄连素的生产方法主要有天然植物提取和化学合成两种。目前我国黄连素的生产以化学合成为主，黄连素的合成以儿茶酚为原料，在减压条件下经异构化、氧化生成胡椒环，胡椒环氯甲基化、腈化、还原得胡椒乙胺；胡椒乙胺与邻藜芦醛缩合，再经催化氢化、成盐、环合，碱化得小檗碱；继续用盐酸成盐即得盐酸黄连素。黄连素生产过程中产生的废水成分复杂，具有很强的生物毒性，容易对水中生物体造成严重的急性毒性和基因毒性，对环境、生态以及人类健康构成严重的威胁。

黄连素生产废水主要是黄连素生产过程中的成品冲洗废水，废水中既含有高浓度的cod，又含有高浓度的黄连素等具有生物毒性的有机污染物，给黄连素生产废水处理带来了极大的困难，属于难处理的一类废水。

现行的黄连素生产废水处理方法是与其它生活污水混合，进入深井曝气处理，需要大量的清水稀释，废水处理成本大，加重了企业负担，一旦水质水量变化异常，废水进入生化处理环节，抗生素类物质的高毒性将对生化处理工艺中的微生物活性产生强抑制作用，因此，针对黄连素生产废水毒性强、难生物降解的特点，必须采用有效的处理技术，破坏废水中黄连素的分子结构，降低废水毒性，提高其可生化性，为后续生化处理创造有利条件。目前，针对黄连素生产废水的物化预处理方面的研究相对较少，黄连素生产废水处理方法主要包括臭氧氧化法、铁碳微电解法、fenton氧化法以及电化学氧化法等。